故事发生在富庶的艾姆王国－一个位于云巅之山的南麓，同时处于整个博得之门大陆的南方边境的国家。游戏中故事的发生时间是距离一代结束后的几个月，一开始你发现自己在艾姆王国首都的一个监狱里，和你一起遭受折磨的还有在一代一起出生入死的战友们。你的首要任务是逃离这个牢笼，并开始调查是谁把你们关起来的。在冒险的旅途中，你会逐渐发现你的名字和臭名昭著的凶杀之神紧紧联系在一起，这个家伙就像很多同类型游戏中的大反派一样，他准备在凡间重生，然后把整个世界搅得天翻地覆。为了与其斗争到底，你必须游历整个遗忘幻境，到达许多奇妙的地方，比如说一座庞大的水底城市、精灵森林、星形飞船、神秘深渊、云颠之山等等，有很多秘密正等着玩家去发现，也各种各样的任务需要玩家去完成。
游戏情节丰富，开放性很强，玩家和游戏世界的互动程度会比以前更高，不但可以随心所欲地编制自己喜欢的主人公队伍。游戏中还有更多的任务需要表明立场，完成这些任务对你，对NPC们的影响都非常大，如果你救了他们敬爱的市长，他们会永远地记得你，随时都愿意给你提供帮助。当然，如果你杀了他们敬爱的市长，他们也会永远记得你，不过到时候迎接你的不是鲜花和笑脸，而是陷阱和大棒。
