加强版增加了三个剧情人物，他们每一个都有感人的剧情作为铺垫。游戏同大航海时代4一样，用7个海洋的霸者之证把游戏剧情发展开来。佐伯.杏太郎，日本人，九州一豪族后裔，一族人被敌人袭击，父亲切腹自杀。自己被追杀，听天由命的坐着小船出海，遇上风暴，被马来人林.森所救，后来林有感于杏太郎遇困难而勇往直前的精神，被其坚强的决心所感染，把船送给杏太郎，并自己愿意跟随杏。杏太郎是东亚霸者之证的传人，为了全家被杀的秘密，必须找寻霸者之证。亚伯拉罕.易文.伍丁，身为阿拉伯大富翁，却坚决的要去四海闯荡。表面上是为了兴趣收集古董，实际上是为了追查自己家族的身世秘密而开始世界航海旅行。而一切的线索也在霸者之证上面。雅.瓦曼.恰斯卡，继承统治印加帝国一个地方王族血统的混血儿，受芬.布兰科提督的提拔，在美洲贸易，和敌对势力巴士科斯抢夺市场。而后来，恰斯卡将明白自己生命的责任在于祖国的复兴，这一切的希望也在于找到霸者之证。游戏用霸者之证把剧情自然的连接在一起，光荣的策划功底可见一斑。而游戏比四代更为完美的是剧情丰富了许多，三个人物的剧情完全可以是三个角色扮演游戏。同时，不仅如此，甚至可以多重过程得到结局，也就是说除了主线以外，有些剧情甚至是可以选择的，这样也给玩家多玩几次此游戏找到了理由。剧情也是感人的，三个人物的剧情都有爱情，友谊，责任，家族，国家等情节在一起。我特别为恰斯卡的故事所感动，当爱情和责任难以抉择，人却必须做出抉择，那时的心情于无奈，光荣刻画的入木三分。而新增加的其它人物，也随之增加了自己的剧情。就是四代出现的老人物，故事也有所增加和变化。《大航海时代4加强版》在这方面比四代的进步是显然的，也不得不让玩家信服光荣不断开创的精神。不过有一点，我还是要指出，剧情中有些时候提示不够，只有一个个城市的撞剧情，航海系列一直有这个缺点。当然，这绝对是瑕不掩瑜。 
