自一代轩辕剑故事结束以后，又过了约三年的光影，主角们已经成长为行侠仗义，披荆斩棘，除恶扬善的英雄。但随着时间的推移，人类与妖魔之间的争斗仍然有增无减，反倒越演越烈，两派纷纷成立帮派，部落，团伙，彼此征战不止。然而双方的矛盾也渐渐地由两个部族的矛盾转为内部矛盾，神州大地一片混乱，民不聊生。我们的主角何然是否能完成他师父的嘱托？找到当年善恶两神联手的事实真相吗?
游戏使用rpgMakerXP制作，支持Unicode。部分游戏的图像资源来自于轩辕剑参云和山的彼端、轩辕剑参外传天之痕、新仙剑奇侠传、仙剑奇侠传二、吕布与貂蝉等商业游戏。水墨地图皆为饕墨小组美工手绘，音乐为饕餮·星辰剑重新翻制。
游戏基本上采用原版的游戏系统及剧情设计。新加入的内容为“TOMO工作室”“隐藏分支剧情”（类似原版的“DOMO工作室”，同时“DOMO工作室”保留）。仿轩叁设计炼妖壶，取消怪物参战系统，改为可装备护驾系统。
轩辕剑之父蔡明宏在接受采访时曾高度评价了TOMO小组及他们所做的《新轩辕剑贰》，并称：“我去那个网站看到广告，《轩辕剑贰》复刻版即将推出，感觉蛮有趣的。其实，只要没有涉及商业利益，我还是蛮高兴的。”大多数轩辕剑资深玩家对《新轩辕剑贰》表示出赞扬之词，并称复刻的行为值得推广。
但有评论认为，制作小组人员良莠不齐，以至于在人设及画面上有些眼光挑剔的玩家颇有微词。
游戏截图
